一場金融風暴令特區政府在成立翌年出現嚴重財赤,董建華在嚴格遵守《基本法》量入為出的原則下致力滅赤,包括將政府經營開支削減至2000億元,又擬在2006/07年把公務員編制人數減至16萬,各項措施漸見成效。