核安全工作另一個重要內容，就是核廢料的處理。
方棟說，核電廠廢料主要分兩類，一是「低放射性核廢料」，即核電廠在運轉或檢修時受到輻射污染的衣物、手套、鞋子及水處理產生的廢棄物等，其輻射強度較弱；二是「高放射性核廢料」，主要是發電用過的核燃料，「目前全球只有低放射性廢料的最終處置場在運轉，至於用過的核燃料，還沒有一個最終處置場，理論上國際間一致採行『深埋』方式，以多重障壁的設計，將高放射性核廢料埋藏在數千公尺的地下。」
