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2003年黃華華當選為廣東省省長，當年的粵港聯席會議規格升級，由香港特別行政區行政長官董建華和廣東省省長黃華華親自擔任聯席會議主席。
粵港合作聯席會議的起源，最早出自董建華1997年的施政報告。從1998年到2002年，兩地共舉行了5次聯席會議。粵港聯席會議主席通常由廣東省常務副省長，與香港特區政府政務司司長共同擔任。
其後的第6次、第7次、第8次粵港聯席會議，黃華華一直擔任著主席職務。
聯席會議三個層次
2003年8月5日在香港召開第6次粵港聯席會議。當年7月4日，黃華華主持召開了廣東省省府常務會議，第二次研究粵港合作問題。在這次省府常務會議上，黃華華具體提出：可以考慮將粵港合作聯席會議的架構分為三個層次：第一個層次是根據董建華先生的提議，並經國務院批准，從第六次粵港合作聯席會議開始升格為由雙方行政首長主持；第二個層次是在聯席會議下面設立聯絡辦公室，粵方由常務副省長湯炳權負責，並成立相應機構，粵方聯絡辦主任和聯絡官由唐豪擔任，聯絡辦副主任由省港澳辦主任黃子強擔任；第三個層次是成立專責小組，具體負責每個項目的研究、跟進、落實。
黃華華同時要求增設粵港發展策略協調小組，由省計委會同省府發展研究中心牽頭負責，就粵港經貿發展的廣泛領域分課題進行協調研究，研究成果經過廣東聯絡辦公室協調後交給聯席會議討論。另外，要建立民間合作研討機制，除政府進行產業引導和政策支持外，兩地的企業、行業、商會之間要進行經常性的研討，搭建互動平台。
這個架構方案後來也得到港方贊成，為整個粵港聯席會議確定了新架構、新機制。粵港媒體稱之為聯席會議機制的「飛躍突破」，「粵港合作的闊度、深度、速度，跟過去6年不可同日而語，完全是一套新的遊戲規則」。
專責小組增至19個
2004年8月4日在廣州舉行第7次粵港聯席會議。此次會議在粵港合作聯席會議框架下增設了三個新的專責小組。包括粵港攜手共同推進「泛珠三角」區域合作專責小組、粵港城市規劃交流與合作專責小組和粵港公務員交流專責小組。至此，粵港合作專責小組已從原有的15個增至18個。
2005年9月28日在香港舉行第8次粵港聯席會議。雙方同意在原有的專責小組的基礎上，成立粵港信息化合作專責小組。至此，粵港合作專責小組增加至19個。
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