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深圳灣口岸作為深港兩地海關進行「一地兩檢」的首個口岸，整個建設項目早在2003年8月開始動工，「一地兩檢」查驗模式的過關安排是於去年5月的粵港合作聯席會議第五次會議上作出。
雙方同意在皇崗口岸和深港西部通道新建口岸實行「一地兩檢」，其實施原則，是雙方有關部門共同利用深圳口岸的場地，按各自的有關法律、規定辦理出入境查驗手續，既減少旅客過關時上車及落車的次數，旅客亦可在更舒適的環境下辦理兩地的過關手續。
特區政府會以「租用形式」，讓港方執法人員於蛇口邊境大樓及空中隧道內執法，惟當市民於蛇口檢查大樓完成香港出境手續，則已當作進入內地邊境。條文的訂定相當細緻，包括引橋是哪一方負責管理，橋邊的柱也有清晰列明。
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