南山區：深圳灣口岸(即西部通道) —— 設計日通關能力為車輛5.8萬車次，旅客6萬人次，是國內首次採用「一地兩檢」作業模式的口岸，未來將實現24小時通關。
蛇口區：大鏟灣海港口岸 —— 預計2008年吞吐量達300萬標箱。
福田區：福田口岸 —— 設計日均客流量達25萬人次。
