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兩稅合併後，內資企業稅負會減輕，外資企業稅負將增加。總的來說，新的《企業所得稅法》對國有服務企業有利，而對外資製造商不利。
外資企業在新稅法實施初期的三、五年內可以繼續享受優惠政策，受到的負面影響不大；過渡期結束後，勞動密集型、資源消耗性的外資製造企業稅負將大幅提高，從而帶動以至迫使外商投資向資本密集、高新科技行業轉型。
勞動密集型外資瀕轉型
對於內資企業來說，類似中國建設銀行這樣的大型金融公司，預計將是稅率變化的最大受益者之一。目前這些企業的稅率較高：除了企業所得稅外，它們還要繳納5%的營業稅。而且工資是這類企業的主要開支，它們的總支出常常會超過其最大允許扣減額，也帶來納稅額的上升。因此，25%的稅率以及稅前扣除政策的調整對這些企業而言是好消息。
渤海證券分析師田輝指出，2005年7家A股上市銀行的所得稅稅率平均為40%，而外資銀行的所得稅稅率僅為15%。所得稅率降至25%後，根據內地上市銀行2005年的財務報表計算，如果不考慮稅前扣除項變動及遞延稅款調整的影響，其業績將平均提升17.41%。其中，提升幅度最大的包括中國銀行、招商銀行、浦發銀行和工商銀行。
除銀行外，中國移動等電信企業和中國石油等能源企業等也將從中獲益。釀酒、造紙、零售、採礦等傳統產業由於不是國家產業政策扶持的對象，稅收優惠不明顯，一旦稅率降低至25%，這些行業也將很快受益。
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