科索沃的獨立問題是美俄間爭端的另一個焦點。科索沃是塞爾維亞的一個省,阿爾巴尼亞族佔多數。在科索沃前途問題上,莫斯科和華盛頓在聯合國安理會中各自支持一套互不相容的方案。美國支持科索沃在國際社會的監督下獨立,而莫斯科則要求繼續談判,堅持任何協議都必須得到塞爾維亞的同意,否則俄羅斯將不惜在聯合國動用否決權扼殺這一項建議。不過其實塞爾維亞絕不會同意科索沃獨立。