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1997年：正式生效的《香港基本法》第114條明確，香港回歸後將「保持自由港地位」，做金融、航運和貿易中心。當年，香港貨櫃吞吐量達1438.6萬(經重訂)TEU，世界第一。
1998年：新加坡全年處理貨櫃1594.5萬箱，香港失去保持多年的一哥地位。
1999年：香港反超新加坡，奪回世界貨櫃吞吐量霸主地位，並衛冕至2004年。
2000年：李嘉誠參觀鹽田港，和黃港口與深圳市政府合資建設鹽田第三期。
2001年：中國加入世貿，「中國製造」進入世貿其他成員市場的貿易壁壘部分解除。隨後一年，中國紡織品等商品出口「井噴」，沿海碼頭吞吐量亦創新高。
2003年：連接香港深圳的陸路口岸——落馬洲—皇崗口岸開始實施24小時通關，粵港首次實現人流與貨流的全天候無縫銜接。
2003年：深圳港貨櫃吞吐量突破1,000萬箱。
2004年：葵涌港區投資100億元的9號貨櫃碼頭落成，香港貨櫃吞吐能力增加260萬箱至2,400萬箱。
2004年：廣州傾全力打造的「大廣州出海口」—南沙港一期工程投產，共有泊位4個，泊位總長1400米。
2005年 九倉旗下的現代貨箱與深圳市政府以65：35股權比例投資70億元，建設大鏟灣集裝箱專業碼頭，規劃泊位20個，年吞吐量700萬至1,000萬TEU。
2005年 經粵港聯席會議協調，廣東省同意部分放寬「四上四落」和「一車一司機」等規定。
2005年 新加坡再次超越香港，成為世界吞吐量最高的貨櫃港口，並保持至今。
2006年 廣州市政府夥世界頭號船公司馬士基及中遠太平洋投資40億開建南沙港二期貨櫃碼頭，包括6個貨櫃泊位，岸線長2,100米。
2007年 港府經濟發展及勞工局表示，「輸入內地貨櫃車司機」的建議將影響本港兩萬多貨櫃車司機的工作機會，暫不考慮。
2007年首季 上海港集裝箱吞吐量首次超越香港，香港退居第三。
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