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羅湖口岸：每日經此口岸出入境的跨境學童約3,500人，佔總數約6成。口岸設有禁區紙制度，校巴可駛進禁區，學生不需與其他途人一同排隊過關，減少走失及發生交通意外的機會。
深圳灣口岸：由於口岸仍新，每天僅有約45名跨境學童出入境，該處設有「一地兩檢」，學生只需過關一次，減少學生發生意外的機會。
沙頭角口岸：經此口岸出入境的跨境學童亦不少，但主要是在禁區內學校就讀及具沙頭角原居民身份的學生，情況亦較易控制。
落馬洲口岸：現時約6分1跨境學童經此口岸出入境，學生不但要兩次上落車過關，又容易與途人混在一起，發生意外的機會相對較高，情況最受關注。
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