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目前，對於大部制的構建，有很多問題並沒有解決，其中怎樣平衡制定決策、執行和監督三權，是大部制改革所面臨的最大問題。如果由原來的幾部委組成新部門，權力和財力勢必更加集中，怎樣防止因權力過度集中而產生的腐敗問題，成為影響大部制改革順利實施的一大關鍵因素。
專家提多種建議
為此，有學者提出，避免方法有多種，一是在部與部之間，讓有些部專門行使決策權，有些部專門行使執行權，有些部專門行使監督權。二是在大部制內部給機構分工：有些機構專門行使決策權，有些機構專門行使執行權，有些機構專門行使監督權。
但有專家認為這些方法仍存在不妥之處，即如果成立一個獨立行使監督權的機構，相對於合併後的大部制來說，此機構的監督能力必須超過一般意義上的監督機構，而對於這樣一個強力的組織要怎樣組合，又以什麼樣的形式出現亦是難題。
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