1981年3月8日
北上1002次EMU100自強號於新竹－竹北間頭前溪橋南撞上闖越平交道的熒琦貨運公司砂石車，事故造成砂石車司機死亡，列車乘客30死130傷。
1991年11月15日
南下1次莒光號於134號誌站（舊山線）正轉轍軌道進入副線當中交會列車，因系統故障導致自強號列車撞上了莒光號，事故導致乘客30死112傷。
2006年3月17日
台東往高雄的96次莒光號列車行經內獅車站與枋山車站間，因鐵路遭破壞致列車出軌，事故造成乘客1死2傷。
2012年1月17日
太魯閣列車於桃園縣埔心站南方幸福水泥廠平交道撞上闖越平交道的砂石車，事故造成1名台鐵人員殉職，22名乘客受傷。
2013年8月31日
南迴線302次列車於屏東枋山一號隧道東口外遭受土石流衝擊，事故造成21名乘客受傷。
2016年7月7日
一列EMU500型列車進入松山車站月台前發生爆炸，事故造成25名乘客受傷。
資料來源：台灣《聯合報》