全國人大常委會法工委副主任張勇日前在港區國安法座談會上的發言指出，司法獨立是指法官在審理案件時不受任何干涉，而不是指法院的管轄權和審判權，因此與管轄權沒有必然的聯繫。為確保國家安全，中央對香港涉及國安的案件保留必要的管轄權，是憲法和基本法賦予的職責和權力。港區國安法草案規定，處理維護國家安全的絕大部分工作由香港完成，絕大多數案件交給香港辦理，中央只在「特定情形下」行使管轄權，為香港擔負起維護國家安全的最終責任。這樣的安排，說明港區國安法立法充分考慮「一國兩制」原則，充分信任、尊重香港的法制，完全不可能影響香港的司法獨立。
中央在特定情形下，可直接管轄極少數在香港發生的危害國家安全案件。香港有個別意見指，中央即使在最特殊的情形下行使管轄權，也會「損害香港法院的司法獨立」。這種論調，顯然把司法獨立和管轄權混為一談，甚至把只有中央擁有的管轄權也視為本港司法機構的管轄範圍。
香港特區的司法管轄範圍，本來就是中央通過基本法第19條第2 款授予的；基本法第19條第3款還明確規定「香港特別行政區法院對國防、外交等國家行為無管轄權。」維護國家安全本是中央事權，不是特區高度自治範圍內事務。中央政府對有效防範、制止和懲治危害國家安全的犯罪負有最終、根本的責任。中央必須確保在任何情況下、在任何地方的國家安全都萬無一失，這也是憲法賦予中央的職責。維護國家安全，中央本擁有無可非議的管轄權。而按照港區國安法草案規定，在一般情況下，在香港發生的危害國家安全的犯罪案件，由香港執法機關和司法機關依據國安法及香港的相關法律及程序處理；中央維護國安機構行使相關管轄權及執法權，是有限度及少之又少；中央更加絕對不會插手香港的法院審案。
港區國安法草案對中央及香港在維護國家安全方面的權責作出規定，最大限度體現了「一國兩制」下的特殊安排，既考慮維護國家安全的實際需要和剛性要求，又考慮兩種制度的差異和香港的實際情況；既體現了中央對香港的信任和對兩種法律體系的尊重，也凸顯了香港特區在香港負有維護國家安全的主要責任和義務。這種安排意味着，港區國安法通過之後，如果香港特區能夠有效擔負起維護國家安全的職責，確保國家安全在香港安然無虞，中央就沒有必要行使管轄權；但是，如果出現香港特區難以承擔責任的情況，特別在外部勢力干預下，香港「管不了」「管不好」，國家安全危機四伏，在此情形下，只有中央才有權力、有能力應對，中央理所當然要行使管轄權力，擔負起在香港維護國家安全的職責。
世界上沒有任何一個主權國家把維護國家安全的責任，完全交給地方政府，這是地方政府不能承受之重。中央保留香港維護國家安全必要的、最後的管轄權，是為了防止在香港出現國家安全受損、甚至失控的危機，保障香港的法治穩定、安居樂業。中央保留必要的管轄權合憲合法、合情合理，絕對不涉及削弱香港司法機機的獨立審判權。所謂中央行使管轄權「破壞香港司法獨立」「國安立法令『一國兩制』已死」之說，完全是混淆是非、誤導公眾。
草案還規定，由行政長官指定法官處理涉及國家安全的案件，也引起所謂「影響司法獨立」的擔憂。行政長官是香港維護國家安全的第一責任人。根據基本法，香港各級法院的法官均由行政長官任命，而在此過程中，行政長官會接受司法人員推薦委員會的推薦；所有指定的法官也是經過這個獨立、行之有效的程序而獲任命。行政長官只是指定適用於各級法院的法官名單，並不會指定個別法官審理某件有關國家安全的案件，司法機構從名單分派法官處理案件，屬於司法機構的決定，所以，也根本不存在「損害司法獨立」的問題。