危害國家安全是非常嚴重的罪行，根據香港國安法，犯罪者會按其參與程度和案件嚴重性，分級判囚、罰款或沒收財產，四項罪行最嚴重可被判囚終身。有法律界人士認為，對比外國情況，有關量刑合理。
分裂國家罪和顛覆國家政權罪兩項性質的刑罰相近，若任何人組織、策劃、實施或者參與實施分裂國家或顛覆國家政權的行為，首要分子或罪行重大者輕則被判監10年，重則終身監禁；積極參加的可處3年至10年的有期徒刑，而其他參加者最多被判監3年、或接受拘役或管制。
若任何人煽動、協助、教唆、以金錢或其他財產資助他人分裂國家或顛覆國家政權，輕則判5年以下刑期、拘役或管制，重則判監5年至10年。
恐怖活動罪方面，若有人組織、策劃、實施、參與實施或威脅實施恐怖活動，輕則可判監10年以上，重則終身監禁，並沒收財產；若致人重傷、死亡或重大損害公私財產，也可判囚10年至終身；積極參加的，可被罰款和監禁3年至10年；其他參加的則被罰款和判監最多3年、或接受拘役或管制。
另外，若有人為恐怖活動提供支援、宣揚或煽動恐怖主義，嚴重者可被判監5年至10年，並被罰款或沒收財產；其他情況則可被罰款並判監最多5年，或接受拘役或管制。若同時干犯其他罪行，則需接受較重的罰則。
勾結外國或者境外勢力危害國家安全罪方面，一般情況可被判監3年至10年，罪行重大的可被判監10年甚至無期徒刑，而有關機構、組織或人員，則按共同犯罪定罪處刑。
傅健慈：嚴懲盼有阻嚇力
全國港澳研究會會員、香港法學交流基金會副主席傅健慈指，美國的國安法例最高判處死刑，而其他國家如英國、澳洲等都是判無期徒刑。他認為香港國安法有關判刑是合理的，「因為這是涉及國安事情，需要嚴肅處理及希望有阻嚇作用。」
他強調，香港國安法只針對極少數者，普通市民毋須擔憂。