環境問題 地鐵回應
因工程須移植的吊鐘枯萎 因天旱關係，已與漁護署研究培植，或改種土沉香。
工程地盤滿佈建築物廢料 地點偏遠，須待直升機在天朗氣清時把廢料運走。
入侵品種薇金菊充斥河道 不可只從河道出發，須與政府聯手清理昂坪一帶的薇金菊。
木製通道使用有毒防腐劑 在環境影響評估中，使用的物料已取得環保署批准。
車廂氣窗易使遊人拋煙蒂 早年已與環保團體商討，氣窗高度達180厘米、車廂內會禁煙。
