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有人質疑朱曹二人的論文在「二流期刊」發表，丘成桐代為反擊。（資料圖片）
丘成桐對國內時下流行的評價體系提出了尖銳的批評：
在某些高校排名榜上，有多少院士、長江學者，乃至有幾位傑出青年，當作上榜的重要理由。於是出現高校競相高價聘院士、長江學者的現象。「為甚麼不去比世界一流的成果，比破解了多少猜想？」他擔憂官商勾結延伸到學術界，會出現官學勾結，甚至出現買官鬻爵的現象。
在中小學，「奧數」居然成了指揮棒。一些著名高校拿著錄取通知書直接到中學招收奧數獲獎者。「這樣的指揮棒導致的惡果，是引導了一大批中小學師生不再對基礎課教學有興趣，把主要精力放在了做難題、做怪題上。這簡直是誤人子弟！做奧數只能培養考試能力，不會培養思想能力。做奧數決不能成為數學大國！」
在一些高等院校，把發表論文或獲獎的數目當作晉陞、評優的必要條件，而課堂教學的水平、學生的評價則放在次要的位置。「有些論文即使發表了也沒有多少價值，有些論文還沒有發表就會引起強烈反響，論文是否發表與水平沒有必然聯繫。這種評價體系必然導致論文抄襲、論文買賣、賄賂編輯等惡習的產生，學界的圖慕虛榮也與此有關。」丘成桐認為，一旦某個領域被身染惡習的權威把持，就有可能出現爛一片的後果。
丘成桐向記者表示，評價體系與學術氛圍有因果關係，評價體系的失誤，會滯緩中國科學的發展，「修正評價體系已經刻不容緩！」
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