「行政院」院長： 劉兆玄→吳敦義
「行政院」副院長： 邱正雄→朱立倫
「行政院」秘書長： 薛香川→林中森
「國防部長」： 陳肇敏→高華柱
「外交部長」： 歐鴻鍊→楊進添
內政部長： 廖了以→江宜樺
教育部長： 鄭瑞城→吳清基
經濟部長： 尹啟銘→施顏祥
財政部長： 李述德留任
新聞局長： 蘇俊賓留任
衛生署長： 沈世宏→楊志良
陸委會主委： 賴幸媛留任
蒙藏委員會委員長： 高思博留任
原住民主委： 章仁香→孫大川
