廢坑原貌雖是建築史上的一大奇跡，但既是向下而建，是否會令安全性與舒適度大打折扣？事實上，無論是防洪、抗震，抑或是防潮、風循環，酒店設計師都作出周密考量。
防 洪
周邊河道歷年最低水位1.91米，1980年最高水位3.73米，多年平均水位2.58米。根據歷史資料，深坑酒店設置了4.2米的超高防洪牆。加之將松江24小時最大降雨量322毫米、上海24小時最大降雨量581.3毫米分別作為設計、校核標準，可確保酒店內湖水的水位變化，不超過500毫米的安全區間。
抗 震
上海並非地震高發地，但酒店臨崖壁而建，如何抗震不可小覷。設計方將地質勘測結果、酒店工程結構設計輸入電腦後，通過一系列模擬測試，反覆檢查建築強度、抗震性能，調整和優化結構方案。一般的鋼鐵結構建築，只有地面一個支點，深坑酒店則上、下各有一個支點，相當於上了「雙保險」，使得建築主體更加穩固，據測算可抗7級地震。
防 火
至於防火設施，除了建築內部的四座消防電梯，在保留了原有採礦梯道的基礎上，室外崖壁還被加固成為專用的消防疏散通道。同時，坑底也佈置了消防供水環路。每個客房的陽台之間，都以玻璃相隔，若用消防錘砸碎玻璃，陽台就能瞬間變為逃生通道。一旦發生危情，處於B3層以上的住客向地面上輸送，B4層以下的客戶，則統一送至棧橋，從兩側逃生通道到達地面，整個棧橋面可容納六千人。
保溫防潮
普通建築金屬板幕牆僅靠一層岩棉達到保溫的效果，考慮到地下建築往往陰冷潮濕，深坑酒店金屬板外牆內側的裝修隔牆內，也設有岩棉，以此保溫防潮。
通風通氣
研究人員對坑內溫濕度、PM2.5、二氧化碳濃度和風速進行長期觀測後發現，坑內通風條件與地面有較大差距，風速要下降50%，坑底二氧化碳則比正常環境提升7.9%，但當環境風循環技術首度應用於深坑酒店後，一切難題均迎刃而解。