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1. 關於直航港口。大陸方面增加銅陵港、石島港、萊州港、台州港大麥嶼港區、寧波－舟山港沈家門港區5個兩岸海運直航港口（港區）。截至目前，大陸方面共有68個港口（港區）為兩岸海運直航港口。
2. 關於運力調控。根據《海峽兩岸海運協議》確定的「平等參與、有序競爭，根據市場需求，合理安排運力」的原則，為避免運力盲目增長，導致惡性競爭，將根據市場供求關係，以集裝箱班輪、客船和散裝液貨船為重點進行運力宏觀調控。
3. 關於砂石運輸。為兩岸砂石貿易提供運輸便利，更好地滿足台灣方面砂石運輸需求，促進兩岸經貿發展，不再對天然砂運輸船實行單獨發證，將天然砂運輸船的業務範圍統一調整為「砂石運輸」，同時，加強對老舊船舶安全檢查，保障安全。
4. 關於互免稅收。大陸已自2008年12月15日開始，對台灣航運公司從事海峽兩岸海上直航業務在大陸取得的運輸收入和所得，免徵營業稅和企業所得稅。
5. 關於互設機構。大陸方面已就落實《海峽兩岸海運協議》確定的互設機構做好了安排，歡迎台灣航運公司在大陸投資設立經營性機構，大陸相關部門將積極提供協助和便利。同時，大陸方面支持兩岸驗船機構開展合作交流，積極促成互在對方設立辦事處；在設立辦事處前，為驗船人員來往兩岸開展業務提供便利，及時執行檢驗和處理緊急事務。
6. 關於兩岸船舶登記。允許兩岸登記的非運輸兩岸間貿易貨物的船舶，從兩岸港口或第三地港口進入對方港口，掛旗方式按照《海峽兩岸海運協議》規定的船舶識別方式執行。如上述船舶運送兩岸之間的貿易貨物或中轉貨物，應按照兩岸主管部門對直航船舶的管理規定辦理。
7. 關於非商業運輸船舶。對兩岸資本的非商業運輸船舶（如：航海教學實習船、海洋科學考察船、工程船、救助打撈船等）進入對方港口，按照《海峽兩岸海運協議》確定的精神，予以支持，按個案方式予以審批。
8. 關於《海峽兩岸海運協議》聯繫實施機制。大陸方面的海峽兩岸航運交流協會將進一步加強與台灣方面相應機構的聯繫，為兩岸相關行業主管部門指定人員提供便利的聯絡渠道和服務，及時協調處理《海峽兩岸海運協議》實施中的相關事務。
9. 關於海上安全。大陸方面繼續推動兩岸海上安全等方面的交流和合作，加強對口磋商，共同保障海上人命、環境和航行安全，並盡快協商編制兩岸直航船舶共同技術標準。
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