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一、推進港深西部快速軌道合作安排
■將原商定港深機場軌道聯絡線調整為港深西部快速軌道，並繼續推進該項目合作研究事宜，配合兩地西部地區及機場未來規劃，盡量發揮軌道交通的多重功能：
1.基本線位為連接港深西部地區和香港國際機場、深圳寶安國際機場；通過深圳前海樞紐站和香港西北部支線連接兩地軌道交通網；
2.規劃將配合港深西部地區和機場的產業結構、規劃和發展策略。目標為支持兩地機場發展跨機場中轉業務和擴展腹地市場；推動前海、新界西北等地區的發展；與港珠澳大橋的發展相結合，推動多式聯運的跨境交流模式；
3.原有的港深機場合作聯合專責小組更名為港深西部快速軌道合作聯合專責小組，負責協調和研究有關港深西部快速軌道的各項事宜，下設港深西部地區和機場間軌道交通專家小組。
二、共同落實CEPA及在廣東先行先試政策措施的合作
協議
■加快法律法規、實施細則出台，並跟進相關的實施情況；
■提供更多便利化措施，鼓勵香港服務提供者到廣東開業；
■爭取進一步擴大「先行先試」的政策範圍。
三、金融合作專責小組合作協議
■在聯席會議的框架下成立新的專責小組，以「先易後難、循序漸進」為原則，促進區域內金融資源便利流動。
四、研發生產藥物（疫苗）合作安排
■推動藥物研究機構和符合GMP標準的製藥企業研發和生產疫苗；
■建立工作溝通協調機制；
■協助促進疫苗的流通和使用。
五、環保合作協議
■共同推進《珠三角區空氣質素管理計劃（2002-2010年）》的落實，並研究珠三角地區2010年以後的減排安排，爭取在明年完成；
■開展《珠江河口區域水質管理合作規劃前期研究》以保護東江水質；
■探討可重用物料利用的新合作模式；
■推動林業保育方面的交流與合作；
■推出「粵港清潔生產伙伴計劃」標誌計劃；
■加強海洋漁業資源保護方面的合作交流；
■推動環保產業發展。
六、教育合作協議
■繼續開展教師協作與培訓交流合作項目；研究港人子女在粵就讀問題；推進高校合作辦學等。
七、2009年至2010年知識產權合作協議
■推進知識產權案件協作處理機制建設，加強兩地知識產權執法部門間的情報交流與分享，並重點推進兩地的執法協作及加強宣傳等；
■把「正版正貨承諾」活動推廣至廣東省第三批試點城市；
■開展香港考生在粵參加2009年全國專利代理人資格考試工作。
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