1997年，香港正式回歸。7月1日零時零分，中國人民解放軍駐港部隊的第一輛車駛過皇崗海關監管通道，進入香港特別行政區。皇崗海關也迎來了業務量的高速增長，1997年9月，單日進出境車輛突破2萬輛次，當年進出境車輛總數突破500萬大關。隨後幾年間，皇崗海關各項業務保持迅猛增長，進出境車輛年均增長率接近10%，進出境人員年均增長率超過30%，徵收稅款連續4年以接近50%的速度增長。
