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根據協議，兩岸將在傳染病防治、醫藥品安全管理及研發、中醫藥研究與交流及中藥材安全管理、緊急救治等領域開展合作。
傳染病防治
■依循公認檢疫防疫準則所規範的核心能力，加強合作，採取必要檢疫及防疫措施，避免或減少傳染病傳播至對方。
■對在己方發現對方的疑似或確診傳染病病人，進行適當處置或協助返回原居住地治療。
■平時應以書面方式定期互相交換傳染病疫情及衛生檢疫等資訊。如有對方人民在發生重大疫情方受感染的資訊，該方應通報對方。
醫藥品安全管理及研發
■就下列兩岸醫藥品事項，建立合作機制：
1、非臨床試驗管理規範（GLP）、臨床試驗管理規範（GCP）及生產管理規範（GMP）的檢查；
2、不良反應及不良事件通報、處置與追蹤；
3、偽、劣、禁及違規醫藥品的稽查，並交換資訊及追溯其來源。
■在醫藥品安全管理公認標準（ICH、GHTF等）的原則下，加強合作，積極推動雙方技術標準及規範的協調性，以提升醫藥品的安全、有效性。
中醫藥研究與交流及中藥材安全管理
■品質安全
同意進行下列合作：
1、中藥材品質安全標準及檢驗方法的交流合作；
2、相互協助中藥材檢驗證明文件查核及確認。
■採取措施保障輸往對方的中藥材符合品質安全要求：
1、輸入方應及時通知輸出方最新制度規範、檢驗標準、檢測方法及限量要求，並由輸出方轉知相關機構及企業，要求企業對輸往對方的中藥材，依輸入方要求取得檢驗證明文件，保證品質和安全；
2、輸出方應對申報輸出的中藥材實施檢驗，並對輸入方多次通報的品質安全不合格項目，根據需要實施密集輸出檢驗。
緊急救治
■雙方同意對在己方因重大意外事件所致傷病的對方人民，提供緊急救治，協助安排收治醫院，並採取其他適當醫療措施。
■雙方同意重大意外事件發生方，應盡速提供對方傷病者名冊、傷病情形、收治醫院和聯繫方式，以及其他相關資訊。
■雙方同意重大意外事件發生方，於對方請求時，應積極協助辦理傷病者轉送事宜。
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