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參選奧運會的美國運動員都是從當地大學選拔出來的。圖為美國運動員在京奧閉幕式與表演人員合照留念。 資料圖片
舉國體制是計劃經濟的產物。自改革開放後，中國逐漸進入市場經濟，舉國體制由於權力過於集中所產生的弊端開始浮現出來。這些弊端主要體現在以下3方面：
政府承擔為主社會參與度低
在舉國體制下，政府對體育事業的發展承擔絕大部分義務與責任，也掌握幾乎全部的權力，而行政管理是其最主要的管理手段，這變相從制度上抑制社會興辦體育事業的進程，導致民間參與度低。
成材率低 運動員出路窄
舉國體制實行的是「體育學校—地方運動隊—國家代表隊」這樣一個金字塔式的運動人才培養體系。有人認為，這種培訓形式的成材率較低，不僅造成人力資源浪費，且降低運動員訓練的積極性，不利成績提高。
中國的體育類學院和學校多達1,782所，學生有18萬5千人。北京體育大學早前進行的調查結果顯示，中國一線、二線及三線運動員的淘汰比例至少達89%。大部分運動員沒有接受正規的學校教育，很多只有小學或初中的教育程度，在許多方面沒有得到正常培養和發展。如何安置被淘汰運動員成為一個令當局「頭痛」的問題。即使是贏取奧運冠軍的運動員，退役後的出路也是一個問題，因為他們除競技體育外，沒有其他專業知識與技能。有人認為，曾推動中國體育快速發展的舉國體制，反過來成為束縛進一步發展的韁繩。
看重王牌 投資傾斜
有內地輿論指，當局看重那些預計可獲獎牌的王牌運動項目，結果造成資金投入比例嚴重傾斜。在這種政策環境下，導致部分由民間展開的小項目因缺乏資助而被迫棄辦，縮小運動項目的活動範圍。
有人認為，如此做法，競技體育的發展脫離社會經濟及文化的活動基礎。而民眾體育運動則由於資金投入的缺乏，不能得到很好開展，甚至在某些地方的民眾認為，體育與其無關。根據有關調查顯示，體育場館的投入款項巨大，改革開放後至2003年底，除奧運場館外，已投入約2,000多億元人民幣。有人指出，中國的大部分體育場館被閒置，約有85%場館的每年收入極低。
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