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2002年9月 日本前首相小泉純一郎到訪朝鮮，朝鮮已故領導人金正日首次承認綁架日本人並道歉，表示會讓受害人返回日本。
2002年10月 朝鮮安排5名受害人暫時返回日本，不過5人抵埗後，日方發聲明要求5人留在日本，並要求朝方盡快移送其親屬返日。朝鮮抗議日方不守諾言，雙方交涉一度中斷。
2004年5月 小泉再次訪朝並與金正日會談，朝方同意讓4名受害人合共5名家屬返日。
2004年8至11月 日朝工作人員在8、9月於中國磋商，朝鮮兩次就日本認定為生死不明的受害者提供調查資料。雙方11月在平壤舉行第三次磋商，日方聽取16名證人作供，並前往相關設施考察。
2004年12月 日本提出調查報告，並對朝方的報告表示重大質疑，包括朝方提供、聲稱是受害者橫田惠的「遺骨」。日方檢驗遺骨DNA後，認為不屬於橫田惠。
2006年2月 日朝在中國舉行多次會談，包括商討綁架未解決事項。日方強烈要求朝方釋放所有受害人，朝方堅稱已釋放所有仍在生的受害者。
2007年7月 朝方譴責日本在綁架問題的對應措施，並發表外交部備忘錄稱有關問題已完結。日本外務省表示對備忘錄無法接受。
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