另一樣是遊馬祖不能錯過的事，就是去看被選為世界15大自然奇景之一的「藍眼淚」，無論是在北竿、南竿、莒光，遊客晚上的節目肯定是「追淚」，圍繞着海岸旁邊追睇「藍眼淚」，民宿主人基本上都是「追淚」達人，用小汽車載着客人到四處追，「追淚」達人會緊張地互通消息，發現「藍眼淚」就通知各方好友，甚有探險尋寶味道。
因為「藍眼淚」出現與否不是人可控制，必須在三項條件下才現身。一是水溫要維持在22至25度之間，二是吹南風（南風較北風和暖，有利藻類生長），三是強烈的紅潮現象，而春夏時分的馬祖正好符合上述條件，加上得天獨厚的彎曲礁石地形，以及近乎零光害的環境，是理想的賞淚點。
而每逢5月至9月正值夜光藻及發光介形蟲活躍的時期，在夜晚海浪的拍打下這些物質受到刺激，不斷出現熒光色的藍點，在沿岸地區形成夢幻的光帶，人稱「藍眼淚」。當「藍眼淚」出現的時候，整個海灣海岸線及水道都會出現閃亮的藍光，彷彿是銀河星空，讓人如置身夢境般。其實夜光藻為異養有機體，一種在海中生存的非寄生甲藻，能作生物發光。這種藻類之所以能發光，是因為其體內數以千計的球狀胞器中具有熒光素、熒光素酶，這些胞器就像微型的電源供應器，讓夜光藻在感受到周遭環境的變化時發出熒光；它也能以光合作用生存。