留歐和脫歐的總體民意旗鼓相當，大部分蘇格蘭人卻是旗幟鮮明地支持留歐，很多人擔心脫歐會引發蘇格蘭自2014年後的第二次獨立公投。肯特大學博士後研究員Alex估計，主張獨立的蘇格蘭民族黨會趁此機會，進一步塑造其比英格蘭更加「開放」、「歐洲化」、「不歧視外來者」的印象，推動蘇格蘭獨立。
至於飽受30年暴力衝突的英國北愛爾蘭地區，目前經濟發展依靠來自倫敦的「輸血」，故北愛對獨立的呼聲並不高漲。不過愛爾蘭前總理埃亨曾表示，若英國脫歐，北愛爾蘭和歐盟成員愛爾蘭之間需重新設置邊境管理。
屆時，愛爾蘭將是英國和歐盟成員國之間唯一的陸地邊境。埃亨估計，人蛇集團會利用愛爾蘭長達3,170公里的海岸線，從歐洲偷運非法移民進入英國。他續指，英愛之間每周貿易額高達10億歐元(約87億港元)，倘若加設嚴格邊防制度，將對北愛地區和愛爾蘭的人員和商貿來往，造成消極影響和極大的不便利。