2017年2月21日 太和站列車控制系統發生故障，東鐵線列車一度全線停駛近45分鐘。
2017年2月11日 大圍站往羅湖及落馬洲方向，發現有路軌出現裂縫，列車駛經時須減速。
2016年4月7日 一列車卡在落馬洲站讓乘客登車期間，車底冒煙及傳出燒焦味，港鐵疏散車上逾千名乘客，無人受傷，懷疑是制動系統故障所致。
2015年12月26日 一班南行東鐵列車駛入九龍塘站時，車底突冒出濃煙及燒焦味，月台職員立即通知車長及疏散車上約450名乘客，無人受傷，疑為制動系統故障致過熱冒煙。
2015年11月9日 東鐵線早上繁忙時間信號故障近3小時，行車時間多5分鐘至10分鐘，乘客逼滿月台。
2014年2月9 日 大學站一個架空電纜絕緣體損毀，服務延誤4句鐘，9天後再在粉嶺站發生同類事故，港鐵其後移除128個屬同一批次的絕緣體裝置。
資料來源：香港文匯報資料 整理：香港文匯報記者 蕭景源