自然科學基金委與京港學術交流中心：
自2003年以來，雙方在化學生物學、中藥學、環境科學、能源科學、大氣科學、神經科學、工程與可持續城市發展、大數據研究、智慧城市、海洋科技等領域組織召開了38次學術研討會。2016年-2020年，雙方圍繞「智慧金融」、「近海環境」、「製造業數字化轉型與創新」、「腎臟病學」、「中子/同步輻射裝置與科學前沿」、「惡性腫瘤」和「網絡安全」等領域組織召開了7次內地-香港前沿學科發展論壇。
自然科學基金委與香港研究資助局：
自2016年起，分別在內地與香港舉辦青年學者論壇7次和2次。論壇主題瞄準學科前沿、突出國家需求、強化交叉融通，涉及「凝聚態物理前沿」、「柔性電子與數字醫療」、「數字經濟下的市場營銷」、「生態環境學科前沿與綠色發展」等領域，涵蓋了數理、天文、生命、工程材料、信息、醫學等學科。