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四川在古代多次經歷戰亂荼毒。
西晉惠帝時期，秦、雍二州的天水、略陽、扶風、始平、武都、陰平等六郡數萬家，以連年饑荒就食漢中。漢中不能賑濟，隨後十餘萬口流民經劍閣入蜀，散佈在益州的廣漢、蜀、犍為等三郡內。這六郡流民種族複雜，主要是祖籍四川的板楯蠻，東漢末年內遷，散居隴右諸郡。其首領李特舉兵反晉。李特死後，其子李雄攻佔成都，公元304年登帝位，建大成國。李雄病死後，皇室內亂。公元338年李壽攻克成都，自立為帝，改國號為漢，史稱成漢政權。
六郡流民入蜀建立成漢政權後，巴蜀之民便大規模逃亡。成漢後期李勢又招引仍然保留氏族制度、居住在牂牁的僚人十餘萬家入蜀，進一步迫使原巴蜀居民逃離四川。四川人口急劇減少到僅20-30萬戶。
宋末元初是四川歷史發展的第二次低潮。從公元1231年蒙古軍隊攻入四川起，到公元1279年四川為元軍全部佔領止，四川內部經歷了近半個世紀的戰爭蹂躪。戰爭的殘酷性、破壞性，在四川歷史上前所未有。從北宋到南宋前期，四川高度發達的封建經濟，受到毀滅性的破壞和摧殘，使其倒退和衰落。四川的人口大量銳減。南宋嘉定十六年（公元1223年），四川有259萬戶，到元朝統一後的至元十九年（公元1282年），只剩下12萬戶。60年間減少了95％以上。素稱富庶樂土的四川，處處呈現滿目荒涼、慘不忍睹的景象。過去的通都大邑，成為瓦礫之場；沃壤奧區，成為膏血之野。到元代，四川行省的稅糧數僅為16574石，不但大大低於經濟發達的江浙、江西行省，而且也低於陝西、雲南行省。四川稅糧數不足全國稅糧總數的1％，居全國倒數第三位。鹽茶酒業到元代、仍未得到恢復。宋代四川蓬勃發展起來的井鹽業，在元代僅存鹽場12處，共95井。宋代四川人多而井鹽自給有餘，元代四川人口比宋代減少95％以上，還因鹽井廢壞，軍民多食解鹽（山西鹽）。元代四川的酒課，在各行省中居倒數第三位，醋課居各行省中倒數第二位。商稅不但大大低於江西、陝西等行省，甚至比甘肅行省還少。終元之世，四川經濟都未得到顯著的恢復和發展。
晚明政治腐敗，爆發了全國性農民起義。崇禎十七年（公元1644年）李自成領導的農民軍攻入北京建立大順政權。同年，清軍入關，攻佔北京，建立清朝。與此同時，崇禎六年（公元1633年）張獻忠領導的農民軍進入四川，於崇禎十七年（公元1644年）攻克成都建立大西政權。公元1647年大西政權失敗，但清軍力量僅及保、順二府地區，其餘多數州縣均為殘明勢力、地主武裝和農民武裝所掌握，爭戰不息。直到康熙三年（公元1664年），夔東十三家最後失敗，四川社會政局才全面轉入正常。大約經過9年的平靜，康熙十二年（公元1673年），又爆發三藩之亂，吳三桂部隊由雲南入川。四川全境再度兵戈四起。康熙二十年（公元1681年），三藩之亂平息，四川政局才真正進入持續穩定的新階段。
從明末清初四川近四、五十年的戰亂，城市變為廢墟，沃野變為荒土，屍橫遍野，慘不忍睹，社會經濟遭到嚴重破壞。順治十八年（公元1661年），四川全省人口僅16090戶。康熙二十四年（公元1685年）仍只有18090戶，估計全省在籍人口不足10萬人。
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