專責粵港水運的珠江客運和金珠船務亦密切關注甲流疫情動態,並積極按照粵港澳三地政府要求,採取預防措施和應變機制防疫,包括按需要使用1:49漂白水清潔拖洗地板及洗抹座椅台板;購備足夠的口罩和洗手消毒物料給有需要的旅客使用;及積極在客艙發放有關豬流感的資訊宣傳單張和預防通告等。發言人表示,公司亦已要求工作人員密切注意旅客,有沒有出現感冒或咳嗽症狀,一旦發現有疑似旅客,將即時啟動應變預案,按照政府衛生部門的要求,確定隔離方案和人群,確保旅客健康安全。