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目前，深圳市全員全額扣繳申報有兩種方式：
（一）已開通網上報稅功能的扣繳義務人，可使用國家稅務總局個人所得稅代扣代繳系統，或使用深圳地稅網上報稅系統的代扣代收稅款（支付個人收入）明細申報模塊，通過互聯網進行全員全額扣繳申報。
對已開通網上報稅功能的扣繳義務人，深圳地稅網上報稅系統的代扣代收稅款匯總申報模塊，不再受理「06個人所得稅」徵收項目代碼的匯總扣繳申報。扣繳義務人可使用國家稅務總局個稅代扣代繳系統，或使用深圳地稅網上報稅系統的代扣代收稅款（支付個人收入）明細申報模塊，通過互聯網進行全員全額扣繳申報。
深圳市地稅局有關業務負責人提醒，對已推廣應用國家稅務總局個稅代扣代繳系統的扣繳義務人，除「0121特殊工資薪金」、「0300對企事業單位的承包經營、承租經營所得」、「0309對企事業單位的承包經營、承租經營所得（定額）」徵收品目代碼保留外，深圳地稅網上報稅系統的代扣代收稅款（支付個人收入）明細申報模塊不受理個稅扣繳申報，但是對歷史匯總申報表補錄明細信息不受此限制。國家稅務總局個稅代扣代繳系統及其操作手冊、問題解答下載方式：登錄地稅網站http://www.szds.gov.cn，點擊「下載專區」—「新網報軟件及資料」。
（二）未開通網上報稅功能的扣繳義務人，應到主管區地方稅務局（稅務所）辦稅服務廳辦理全員全額扣繳申報。
深圳市地稅局有關業務負責人介紹，扣繳義務人可通過該局網站下載並填寫《代扣代收稅款（支付個人收入）明細報告表》（數據導入模板），持儲存介質、打印的紙質申報表進行申報；支付人數較少的扣繳義務人，可通過該局網站下載並填寫《代扣代收稅款（支付個人收入）明細報告表》紙質申報表進行申報。《代扣代收稅款（支付個人收入）明細報告表》（包括數據導入模板、申報表格式）下載方式：登錄地稅網站，點擊「下載專區」—「納稅申報表類」—「個人所得稅」。
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