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2005年以來，該關作為試點單位，開始在皇崗口岸試運行俗稱「綠色通道」的空港物流快線和華南物流快線，對運輸的貨車以「統一陸路載貨清單」等報關數據電子化為前提，運用電子關鎖及實時ＧＰＳ定位追蹤系統實施電子監控，指定運輸路線，在皇崗口岸由通道自動核放系統直接核放，免予辦理人工錄單、人工審核、人工驗放等手續，這不僅實現了跨境貨物的快速通關，也等於把香港海運碼頭、機場的堆場延伸到了深圳，在一定程度上緩解了香港港口倉儲場地緊張的問題，為深圳利用香港的現代化遠洋港口提供了更為便利的條件。經過2年多試運行，海關總署以這一模式為基礎，啟動跨境快速通關模式，進一步延伸到廣州機場、深圳機場、東莞寮步車場等地，輻射面更廣。目前聯邦快遞、UPS等國際知名企業已採用這種模式。
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