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新型農村合作醫療制度的特點可被簡單概述如下：
1. 政府明確的政治承諾和政治意願。《關於進一步加強農村衛生工作的決定》明確提出「政府衛生投入要重點向農村傾斜」，通過財政支持提供醫療保障；「重點解決農村居民因傳染病、地方病等大病而出現的因病致貧、返貧問題」。
2. 政府轉移支付(在中西部地區)，事實上成為籌資的主要來源。
3. 由政府成立完全由地方財政負擔經費的專門機構，實行對新型農村合作醫療的全面管理，令其形成衛生服務提供者、參與農村居民、合作醫療基金以及政府行政機構之間相互作用和制約的一種穩定結構。
4. 農村居民以家庭為單位自願參加新型農村合作醫療，從而承擔部分農村居民自己的醫療保障責任。
5. 建立相互補充的醫療救助制度。
6. 以補償「大病」為主，並以縣為單位分擔這種風險。
資料來源：毛正中、蔣家林，《新型農村合作醫療制度的特徵及目前面臨的挑戰》，中國衛生經濟，2005
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