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1999年 福州國際招商月首次確定「海峽」主題，成為大陸最早舉辦的兩岸經貿展會之一。
2000年 台北電腦同業公會首次組團參展，在展館特設台灣資訊館。
2001年 海交會簽訂了具有歷史意義的「兩馬協議」，率先形成「兩馬先行」的格局。
2002年 海交會簽訂了向馬祖島供水協議，實現了大陸首次向台灣地區供水。
2003年 在抗擊「非典」、各地經貿會展活動相繼取消的特殊時期，第五屆海交會如期順利舉辦。
2004年 澎湖地區首次組團參展
2005年 首次組織台灣農產品參展，並實現台灣水果首次「零關稅」直航福州。
2006年 海交會率先擴大台灣農產品准入及零關稅種類和範圍，並率先實施台灣居民在大陸申辦個體工商戶。
2007年 海交會率先啟動了福建沿海與澎湖地區貨運直航，台灣台中六縣市首次由地方政府組團參展參會。
2008年 海交會福州市政府與台北市政府簽署了加強交流合作共同聲明，這是海峽兩岸地方政府簽署的首份協議，同時，參展的台灣縣市首次基本覆蓋台灣全島（除花蓮、台東兩縣）。
2009年 海交會推出了「兩岸郵件總包直封關係啟動儀式」。
2010年 大陸首次正式從台灣引進大米
2011年 海交會首設ECFA早收清單產品展區，開創了ECFA正式實施以來海峽兩岸大型經貿展會此類展區的先河。
2012年 海交會揭牌成立了海關總署福州原產地管理辦公室，是大陸首個專門負責管理對台優惠和非優惠貿易原產地業務的機構。
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