不少人把發現分子機器與發明飛機相提並論，認為兩者具有同等重要性。諾貝爾獎評審之一貝克瓦爾就認為，分子機器真正意義在於其無限潛能。
依靠分子機器，科學家可以將機器零件縮小至極限，從而提升機器性能。舉例來說，現今科技可以製造出只有硬幣那麼大的晶片，儲存數以GB計的資訊。如果引入分子機器科技，不但晶片可以再進一步縮小，資訊儲存量更會有飛躍性的提升。
分子機器探測癌細胞的可能性成為不少人的焦點，貝克瓦爾表示科學家可以透過調校分子機器，讓它們在接近癌細胞時產生特定反應。雖然這個用途仍處於想像階段，但值得研究。
分子機器似乎將會帶來莫大的貢獻，但有人擔心它會否成為破壞的工具。貝克瓦爾認為目前不需要擔心這個問題，他暫時看不出分子機器有行惡的用途，「以機械人來比喻，愈大就愈危險，但如果像分子那麼小，現在還不足以構成威脅。」 ■The Local網站