「兩地兩檢」：在廣州或深圳設置口岸
乘車模式：旅客分別在內地和香港完成出入境手續後，再設法尋找其他班次高鐵完成剩餘旅程。
建設困難：廣州南和深圳北原有的接發車能力已接近飽和，站內用地侷促，再改建增設口岸十分困難。
運營缺點：
1. 廣深港高鐵與全國高鐵網絡實際上變成兩段鐵路，香港無法到發廣州更遠的列車，香港段淪為來往兩地的擺渡車；
2. 旅客辦理完出入境手續後無法保證買到下一趟車票，接駁轉乘耗時，估計需要3個小時。
「多地多檢」：在內地所有經停城市或幾個主要城市設置口岸
乘車模式：旅客從香港或設口岸的城市出發，列車運行中間不能上下車。
建設困難：內地設置口岸的高鐵站都要配套出入境、海關和動植物檢驗檢疫等三套人馬，每天按三班倒配置公務員數量，每個城市要為這些機構和公務員配套建設辦公和生活設施。
運營缺點：
1. 香港發出來的高鐵，在沿線經停車站只能下，不能上，發往香港的高鐵只能上，不能下；
2. 途中城市居民無法充分利用這些列車，很有可能出現旅客不及口岸工作人員多的現象；
3. 高鐵的運輸效率大打折扣；
4. 車輛利用率嚴重不足，運營公司面臨巨額虧損和破產，影響全國高鐵的效率。
在深圳「一地兩檢」：在福田站或深圳北站設置口岸
乘車模式：旅客在深圳完成出入境手續後，再設法尋找其他班次高鐵完成剩餘旅程。
建設困難：與「兩地兩檢」一樣。
運營缺點：
1. 旅客過關耗時雖比「兩地兩檢」為短，但廣深港高鐵與全國高鐵網絡會變成兩段鐵路，從西九龍發往全國各地功能沒有了，香港段淪為來往於兩地的擺渡車；
2. 更改福田站或深圳北站功能，將其設為終點站，會損失很多運轉能力或降低安全標準，損害旅客利益，打亂全國整體高鐵線路。
香港文匯報記者 熊君慧 整理