2016年2月21日，台灣生物技術公司浩鼎運用翁啟惠醣分子技術生產的浩鼎乳癌疫苗試驗解盲（Unblind，指藥物在上市前需經動物及人體試驗，研究分析者須進行資料蒐集和分析的過程），但數據未達統計學上的顯著意義。
3月3日，浩鼎乳癌疫苗試驗解盲失敗，翁啟惠發言遭到質疑。「中研院」發表聲明表示，翁啟惠名下未持有台灣任何生技公司股票。
3月23日，周刊爆翁啟惠女兒翁郁琇名列浩鼎第10大股東，持有1,933張股票。
3月25日，台北士林地檢署偵辦「浩鼎案」表示，解盲失敗前3個月，翁郁琇曾出脫10幾張股票。
3月30日，周刊爆料，翁郁琇2月19日解盲當天賣出股票。馬辦發言人陳以信表示，翁啟惠29日致電馬英九表達希望請辭，馬並未同意。
3月31日，翁啟惠滯美未歸，「立法院教育及文化委員會」通過提案，最嚴厲譴責翁啟惠藐視「國會」，規避監督行徑。
4月15日，翁啟惠返台，強調沒有內線交易或操弄股票的意圖與行為。
4月25日，翁啟惠入馬英九辦公室報告，但並未請辭。翁啟惠願即日起授權副院長處理「中研院」重要行政，並配合提前辦理交接。
5月10日，馬同意翁啟惠於3月29日所提辭呈。
5月11日至12日，翁啟惠與浩鼎董事長張念慈遭檢調約談，檢察官諭令翁啟惠飭回，仍維持限制出境的強制處分。
2017年1月9日，「浩鼎案」偵結，檢察機關提請對翁啟惠量處適當之刑，「以儆傚尤」。
2月21日，士林地方法院合議庭駁回翁啟惠要求撤銷限制出境的聲請。
3月22日，士林地院開庭時，公訴檢察官指翁啟惠利用院長身份介入技轉，明知有利益衝突，卻未依規定自行迴避，違反「中央研究院科技移轉利益衝突迴避處理原則」，當庭聲請變更起訴法條，將原本的「不違背職務收賄罪」改為「違背職務收賄罪」，也使翁啟惠面臨刑責從原本7年以上有期徒刑，變為最重可判無期徒刑。全案仍在審理中。
資料來源：聯合新聞網