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一、創新基地
1．建深港傳染病研究中心
2．建深港創新圈互動基地，為兩地企業提供支援服務
3．建香港院校深圳產學研基地
4．建毫米波國家重點實驗室深圳基地
5．為全自動晶圓檢測機合作專案建開放性研發基地
6．鼓勵香港研發中心在深圳建立分部
7．鼓勵香港科技創業者在深圳大學城創業園
8．建聯合試驗室，處理數字訊號（DSP）及集成電路（IC）技術研究
二、服務平台
1．構建以運動控制技術為核心的公共技術平台
2．設立深港IC設計創新服務平台
3．推動光明新區產業轉移和升級中心
4．協助深港工業設計創新科技成果轉化中心
5．建立深港工業中心和培訓中心
6．建立深港設計中心創意產業園區
7．建立深港基因組學個體化醫學研究中心
8．加強南山和香港合作為主體的深港知識服務業聯盟
9．設立無線自組網技術服務平台
10．加強香港與深圳的科技人才培訓與交流
11．加強港深科技團體交流
12．加強港深學生科學交流與合作計劃
三、重大專項
1．電子產品編碼(EPC)和射頻識別(RFID)聯合應用專項研究
2．食品安全及藥品安全專項研究
3．愛滋病聯治專項研究
4．太陽能電池生產技術專項研究
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