1. 軍委管總
改革前：中央軍委下設總參、總政、總後和總裝四總部；總部權力過於集中，影響了軍委集中統一領導。
改革後：中央軍委下設辦公廳、聯合參謀部、政治工作部、後勤保障部、裝備發展部，增加軍委紀律檢查委員會、政法委委員會、科學技術委員會。增加戰略規劃辦公室、改革和編制辦公室、國際軍事合作辦公室、審計署、機關事務管理總局。
2. 戰區主戰
改革前：七大軍區是中央軍委派出的戰區聯合作戰指揮機構；海軍作戰部隊除了海軍總部直轄外，分佈於三大艦隊中；空軍領導機關設有司令部、政治部、後勤部、裝備部；第二炮兵由中央軍委直接掌握。
改革後：成立東、西、南、北、中五大戰區；將陸、海、空、火箭軍等軍種整合，實現聯合協同作戰；由防禦性質作戰，轉為聯合機動作戰；擺脫蘇式體系向美國模式轉型；將建立戰區聯合作戰指揮部。
3. 軍種主建
改革前：陸軍機動作戰部隊85萬人，海軍23.5萬人，空軍39.8萬人。陸軍邊海防部隊、警衛警備部隊及二炮未公開。
改革後：成立陸軍領導機構；成立火箭軍、取消第二炮兵；成立戰略支援部隊。