擁有佑寧堂業權的Union Church，在香港的傳道過程乃伴隨香港開埠歷史而進行。著名的歐洲漢學家、牧師理雅各（Rev. Dr. James Legge）受倫敦傳道會（London Missionary Society）的委派，1843年抵達香港，開啟了Union Church在香港活動的歷史。理雅各本人後來更成為香港英華書院第一任校長，而這所學校也培養了本港諸多人才和知名人士。Union Church更按立了香港首位華人牧師何福堂。
Union Church最早的地址在荷李活道，後因信眾數目增加而於1865年轉至士丹頓街。1890年，用一塊一塊石頭搬移的方式，轉至堅尼地道現址。
由於在日本佔領歲月中遭到破壞，所以在1949年修建了現在的佑寧堂。