本地疫苗供應不足
日本民眾過往需強制打針，但副作用引起社會疑慮，故當局在1994年修訂《預防接種法》，要求國民「盡力配合接種計劃」便可，本地疫苗需求隨即大幅下降，令主要藥廠不再專注研發疫苗，導致現時供應不足。
只依賴外國供應
除缺乏負責接種疫苗的醫生和護士外，日本不少人質疑疫苗安全和有效性，加上一直只依賴外國供應疫苗，導致無法提升接種率。日本政府計劃本月在東京和大阪設立大型接種中心，希望提高打針進度。
獲准使用的疫苗種類少
日本現時只批准使用輝瑞疫苗，雖然政府亦採購Moderna（莫德納）和阿斯利康疫苗，但尚未批准使用。
接種率遠遜別國
英國牛津大學的數據顯示，以色列平均每100人便接種121劑疫苗，阿聯酋和英國則分別為約106劑及71劑，日本卻只有2.55劑。
本地研發疫苗需時
「第一三共」和「鹽野義製藥」等日本製藥公司正自行研發疫苗，但需較長時間才能完成臨床實驗，原因在於難以吸引日本民眾參與試驗，加上隨着疫苗接種人數增加，愈來愈多人擁有抗體，符合參與臨床實驗資格的志願者愈來愈少。