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早前香港城市大學的研究發現，在米埔一帶抽查的鳥蛋樣本中，發現少量有機污染物含量超標，相信長遠有機會影響雀鳥繁殖。研究員化驗了米埔13隻小白鷺及池鷺所生的蛋，結果發現蛋內含有有機污染物二噁英（dioxin），平均超標42%，極有可能會導致畸胎及胚胎死亡。二噁英是環境不易分解的有機污染物，是工業生產過程副產品，釋放出二噁英的途徑包括焚化含有如聚氯乙烯（PVC）等塑膠廢物，和製造紙漿過程使用的氯漂白。由於二噁英在環境分解速度緩慢，所以它會透過食物鏈積聚在動植物身上。化驗亦發現少量鳥蛋內殺蟲劑DDT超標逾1倍，令蛋殼變薄，雌鳥在孵蛋很容易導致鳥蛋破裂。DDT為最常用的殺蟲劑之一，環境難以分解，並可在動物脂肪積聚，甚至可能影響胎兒發育及致癌。
小白鷺及池鷺的食物以魚為主，但米埔水質受珠江三角洲、深港兩岸的污染物前後夾擊，如果雀鳥進食受污染的魚，其所生的蛋亦會透過食物鏈感染二噁英等污染物。雖然，現時米埔生態仍然健康，雀鳥和鳥蛋都暫時安全，但若然污染持續惡化，這個雀鳥天堂終歸有一天會失守。漁護署的工作人員每個月都會在米埔濕地一帶抽取水質樣本，定期在實驗室進行檢驗和測試。
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