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■小型雞農的經營受到跨國集團的衝擊。 資料圖片
儘管農業協定加快貿易自由化進程，但對發展中國家而言，即時的效果無疑是增加入口肉食的供應量及產品種類，而肉食產品的價格在短期亦會降低。但有人說，部分發展中國家的小農戶及小商販在缺乏保護的情況下，根本無法與來自已發展國家的跨國食品公司競爭。2005年，世界貿易組織在香港舉行大會，引發大批韓國農民來港抗議。
農產品貿易自由化最終造成跨國食品公司的壟斷，他們不單在肉食加工業上稱霸，還幾乎壟斷飼料、肥料、農藥、牲畜藥物及零售等整條供應鏈，甚至有能力操縱價格，最終影響發展中國家的農業及小農戶的生計。紀錄片《毒食難肥》便揭露食品公司如何壓迫雞農，令其債台高築，最終成為食品公司的附庸。不但如此，跨國食物公司透過操縱價格，從而謀取暴利，有關案件被拍成電影《大鑊密探》。
富國越富 貧國越貧
另外，有人認為農產品貿易自由化造成富國越富、貧者越貧。歐美國家運用多種手斷補貼國內農業，加上他們擁有技術優勢，生產效率較發展中國家高。他們往往將剩餘的農產品向發展中國家傾銷，導致相關價格大跌，影響發展中國家農民的生計。問題的其中一個癥結在於富國與貧國的權力不平等，富國基於可動用的資源較多（例如談判隊伍人數、法律專家及綜合國力較強（例如外交力量）），故在貿易協議的談判及仲裁過程中佔盡優勢，因此造成很多不公平情況，無論在貿易協定的條文及運作上大多出現雙重標準。
一國出問題 全球受牽連
農產品貿易自由化亦對食物安全帶來威脅，有別於小農戶，工業化的肉食生產令牲畜高度集中，容易引致公共衛生問題，例如瘋牛症及禽流感等（見於本欄刊登在2011年1月23日的「肉食研究系列之二」《青年易變「食肉獸」 健康致癌有爭議》）。
全球一體化也形同風險全球化，貿易自由化加大肉食產品的流通量，一旦食品發生問題，將波及更廣泛的地區。例如最近德國的二噁英雞蛋事件，便因全球化令產品流通世界各地，終令事件牽連多國，香港亦受影響。此外，生產分工令農產過分集中在少數地區生產，若生產受阻便嚴重影響全球供應，導致價格大幅波動，甚至斷絕供應。最近兩個畜牧大國—澳洲及巴西，受到天災所累，牛肉供應緊張便是最佳例子。
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