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佛科院這次獲得碩士學位的三大學科分別為：機械工程學、獸醫學、土木工程學。這三個學科建設歷史最早，基礎紮實，科研力量雄厚。
機械工程學科是佛科院最早設立的工業類學科之一，目前與華南理工大學和廣東工業大學建立了聯合培養碩士研究生的合作關係。近年來，該學科共承擔國家自然科學基金項目5項、廣東省自然科學基金項目7項，並承擔了國家級重點文物保護單位「數字祖廟」項目和粵港關鍵領域重點突破項目等一批有影響力的重大項目。
土木工程學科經過二十幾年的建設，成效顯著，2010年，土木工程專業入選為第六批國家級特色專業建設點，獲得批准建設省級工程中心一項。學科在橋樑結構設計、橋樑健康診斷與施工監控、城鎮道路交通規劃、公路隧道與深基坑工程施工監測等技術領域做出了貢獻，為佛山城市建設、交通規劃、環境污染治理等各項事業解決了許多重大技術難題。
獸醫學科一直是學校的重點專業，2008年被教育部評為高校特色專業建設點，現擁有基礎獸醫學實驗室、預防獸醫學實驗室和臨床獸醫學實驗室3個研究室。同時，配備有生物基礎實驗教學中心和生物技術研究中心，以及畜牧獸醫研究所、動物醫院等研究與技術服務機構。近5年，主持市廳級及以上各級科研項目38項，其中國家級項目8項，省部級項目13項。近幾年曾先後參與「非典」、「禽流感」的課題攻關，為地方經濟社會建設作出重要貢獻。
以三大優勢學科為依托，近幾年佛科院科研成果如芝麻開花節節高。預防獸醫學被評為省級重點扶持學科，預防獸醫學實驗室為廣東省高校科研型重點實驗室；「廣東省廣府文化研究基地」獲批為廣東省人文社科研究基地；「現代製造裝備工程技術開發中心」和「土木工程技術開發中心」獲批為廣東省普通高校工程技術開發中心。學校投入2000多萬元用於「佛山科學技術學院陶瓷技術研究中心」、「佛山科學技術學院生物技術研究中心」、「佛山科學技術學院企業發展研究中心」等學科平台建設。科研經費逐年快速增長，從2006年至今，已累計投入科研經費超過2億元，各級科研項目立項近千項。
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