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朱文臣在此次全國兩會上還建議取消在醫藥商務評標中的「最低者中標」的規定，引入藥物經濟學評價機制，以保證基本藥物的質量。同時他呼籲，在新藥審批過程中，可以效仿歐美等西方國家，改革現行的審批制度為備案例，加快創新藥的臨床試驗申請的審批。
朱文臣在接受記者採訪時說，現行的「雙信封」制度唯低價嚴重忽略了藥品的安全、有效、可及三個基本屬性，給藥品的生產造成了嚴重的質量隱患。各省在基本藥物招標中存在競相降價的徵集比賽，導致部分基本藥物的價格越招越低，極低的藥物基本價格直接衝擊了藥品質量安全底線。這種做法也違背市場規律，嚴重威脅國內部分以藥物生產為基礎兼顧創新發展為動力的優秀製藥企業的生存。最後，低價招標誘導的低於成本中標的行為涉嫌違反多部法律。
他建議，在藥品招標中，按照誰出資，誰購買，誰招標的原則，建議有醫保部門直接參與藥品招標，取消商務評標中的「最低者中標」的規定，引入藥物經濟學評價機制，通過調查核算成本，採用中位價法制定基本藥物的合理中標低價。
針對國家現行的新藥審批制度，朱文臣說由於我國的相關人員數量嚴重不足、評審體系不完善、企業研發和申報資料不齊等因素，導致在新藥審批中很多的指標和任務流於形式，大量的積壓申報資料，造成評審效率不高，評審質量堪憂，評審人員高壓，申報企業焦慮的惡性循環。因此改革現行的新藥審批制度顯得尤為重要。
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