自從強推世俗主義的蘇哈托1998年下台，印尼開始邁向民主，宗教自由度增加，令深受中東伊斯蘭強硬派系影響的保守派壯大，促成印尼本地伊斯蘭強硬教派崛起，例如「伊斯蘭防衛者陣線」(FPI)。外界批評，印尼政府未能打壓宗教激進分子，導致人心惶惶，國民都擔心被誣指攻擊穆斯林。
印尼憲法保障國民信奉6種主要宗教的權利，當地因此給人宗教包容度較高的印象。不過針對宗教少數的仇恨事件近年有上升趨勢，除了基督教，伊斯蘭少數派系也被針對，佔多數的遜尼派把什葉派及阿赫邁底亞派視作異端，後兩者因此不時成為暴徒攻擊目標，他們不但被迫遷，甚至遭殺害。2011年，3名手無寸鐵的阿赫邁底亞穆斯林就在警察面前被打死。
印尼人權組織認為，蘇哈托統治結束後，印尼顯著穆斯林化，這現象現在變成了激進化。FPI是發起反鍾萬學示威的主要組織，分析認為，鍾萬學入獄將令FPI更有恃無恐。另外，印尼作為「包容伊斯蘭」代表的形象，亦將因為鍾萬學案的判決而受挫。 ■法新社