誠然，《協議》的簽訂確立粵港往後的發展方向；但實施時涉及多個領域的相關項目，故有一定困難。
範疇 難題
金融方面 有何具體措施吸引更多廣東企業來港集資？
產業方面 如何能夠更有力地支持在粵港資企業進行轉型？
基建方面 如何推動新的交通連接以及發展現有基建？
生活方面 粵港的社會制度和文化習俗仍有很多差異。若要發展跨境生活，除硬件配套外，如何加強兩地居民了解和融合的問題亦尚待解決。
