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■1912年3月31日，招商局在上海張園召開第二次股東常會，選舉成立新一屆董事會，招商局進入商辦時期。
招商局創辦之初就實行了「官督商辦」體制，是中國近代第一家也是最大的官督商辦企業。
官督商辦體制始於19世紀70年代，興盛於80年代，是當時清政府創辦民用工業的重要組織形式，曾被洋務派應用於煤礦、電報、紡織、冶煉、銀行等多個行業，如開平礦務局、天津電報局、上海機器織布局等。在官督商辦企業裡，用人、行政和理財大權由洋務派委派的總辦或督辦掌握，一般商民無權過問。但企業盈虧「全歸商認，與官無涉」，官款可以坐收「官利」。依靠官方的庇護，企業享有免稅、減稅、貸款、緩息、專利等特權和優惠。如招商局自創辦便享有從上海到天津隨漕運貨、免天津進口稅二成的權利。官督商辦企業已基本屬於資本主義性質，但卻有著濃厚的封建因素：營私舞弊、官場積習、官商矛盾尖銳，同時由於外資企業的競爭、清政府的報效官利，窒息了企業發展的生機。19世紀90年代，官督商辦企業走向沒落。
辛亥革命之前，官督商辦體制已完全成為束縛招商局發展的桎梏，招商局的股商們對這一體制的幻想徹底破滅，明確指出官督商辦的三大弊：1、股商無權；2、官享其利；3、不利商戰。時任招商局會辦的近代思想家鄭觀應認為，官督商辦體制阻礙了中國近代經濟的發展，使中國「不能與泰西競爭於世界舞台，此中國之所以日居退敗也。」後來，他對這一體制弊害的認識更加深刻，得出了「名為保商實剝商，官督商辦勢如虎，華人因此不如人，為眾驅爵成怨府」的結論。
1911年的辛亥革命為中國民族資本主義的發展開闢了道路，為招商局的舊體制變革掃清了障礙，也為招商局實現完全商辦準備了根本的前提條件。
1911年初，招商局的掌權人盛宣懷以郵傳大臣的身份，策劃「鐵路國有」政策，將已商辦的川漢、粵漢鐵路收歸國有，並拒不歸還四川的股金，激起了四川的保路運動，直接導致了武昌起義的爆發。作為替罪羊的盛宣懷，被清政府「即行革職，永不敘用」，後取道青島、大連東逃日本。盛宣懷的東逃，意味著官督商辦體制開始動搖。清政府滅亡後，郵傳部派駐招商局的總辦等管理人員相繼離局，官督商辦體制解體。
孫中山領導的臨時政府為了保護和促進民族資本主義發展的經濟政策，頒佈了保護私有財產的五條命令，並在《臨時約法》中明確規定：「人民有保護財產及營業之自由」。臨時政府頒佈這些法令，就是為了把中國的民族工商業從清政府的所謂官辦、官督商辦的桎梏下解放出來以促進其發展，這使得飽受官督商辦之苦的招商局股東們拍手稱快。
臨時政府注重發展實業，在中央及各省分設實業部與實業司，在南京成立中華民國實業協會，以「振興實業、擴充國民生計、挽回利權為宗旨」，與招商局股商「挽回航權、發展民族航運業」的創辦初衷完全吻合，招商局的股商們對辛亥革命由最初的不理解和反感轉變為積極認同。
1912年3月31日，招商局第二次股東常會在上海張園召開，成立新的董事會，推選伍廷芳為董事會主席。新董事會做出在管理制度和經濟制度方面進行改革的決定：1、加強董事會對企業的管理權力，抵制外來勢力的干預；2、進行業務經營方面的改革，實行包船等包辦制；3、以「有利必興、有弊必除」的原則對局務進行整理。
新董事會的成立，是招商局進入完全商辦時期的重要標誌，招商局名稱也由「輪船招商公局」改稱為「商辦招商局輪船公司」，後又稱「商辦招商輪船有限公司」。
招商局實現完全商辦後，股東有了較多的發言權，並在一定程度上取得了對企業的支配權，招商局從早期官僚資本主義企業轉化為民族資本主義企業，招商局的管理機構在一個較長期的時間內相對穩定，為招商局發展航運事業奠定了基礎。
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