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珠三角民眾非常關注的是，散裂中子源落戶東莞，是否會對環境造成核污染？對此，陳和生院士表示，請東莞市民放心，它一年的輻射量不及坐一次飛機，在工作場所5年也僅與一次X射線胸透所接受的劑量相當。中科院高能研究所宿舍30米遠的地方，就有個類似中子源的裝置。另外，項目建設中將採取嚴格的輻射保護措施，並接受國家的嚴格審批。
據散裂中子源辦公室主任陳延偉介紹，核科技不等於一定就有核輻射，散裂中子源就是一部巨大的加速器，和核電站的原理完全不同。散裂中子源產生的輻射主要是瞬發性的，只要加速器一停機，輻射場隨即消失，同時也不再引起空氣、冷卻水以及土壤的活化。散裂中子源建在地下5米的隧道內，周圍用很厚的鋼筋混凝土牆來屏蔽輻射。在屏蔽外，劑量水平遠低於天然宇宙線產生的照射，大約只相當於宇宙射線對人體產生劑量的1/10。
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