港人抵達深圳後如需轉機後續航班,則可在到達廳內的中轉聯程櫃檯辦理相關手續。在國內到達廳設有專門的中轉廳,包括國內中轉聯程櫃檯和國內轉國際中轉聯程櫃檯,旅客可直接進入候機區等待上飛機,不需要重複進行安檢。
而由於國際航班需要接受海關檢查,國際國內中轉的旅客則需要在到達廳提取行李,再到4樓D、E國際值機島辦理申報手續和行李托運,然後到3樓國際出發廳接受海關檢查和安全檢查等;如果旅客行李內沒有需要申報的物品,則可在行李到達廳辦理值機手續,然後到三樓國際出發廳進行海關檢查、安檢及候機。