2016年1月，南京靈谷寺玄奘院地宮舉行落成儀式，地宮內永久存放供奉鎮寺之寶--玄奘頂骨舍利，每日供香客瞻禮。
關於靈谷寺玄奘舍利的由來，現任住持傳靜介紹道，公元664年，玄奘大師圓寂後，葬於長安（今陝西西安）興教寺墓地，後遷至終南山紫閣寺安葬。公元998年，金陵（今南京）天禧寺住持可政在危舊寺塔中發現玄奘頂骨，千里迢迢背回天禧寺供奉。
1942年11月初，侵華日軍高森部隊在南京大報恩寺遺址三藏殿後小山崗要建造稻禾神社，挖掘到玄奘法師頂骨的石函，並盜回日本。後被媒體披露，迫於輿論，交涉後將頂骨分為三份，其中一份存放於南京雞鳴寺山下當時的汪偽中央文物保管委員會。1973年，南京靈谷寺修復開放，經總理周恩來批准，靈谷寺迎請玄奘大師頂骨舍利，供奉於明代十三層密簷楠木塔中，成為寺中密藏的鎮寺之寶。
據傳靜介紹，目前，玄奘大師頂骨舍利在海內外被分為10處珍藏。其中靈谷寺為最多，佔玄奘頂骨舍利的50%以上。